Wadą prowadzenia spółki komandytowej, szczególnie w małej skali, jest konieczność rozliczania się z fiskusem na podstawie pełnej księgowości, czyli tzw. ksiąg handlowych. Co za tym idzie, z działalności takiej spółki musi być robiony raport finansowy. Prowadząc pełną księgowość, należy pamiętać o sporządzaniu okresowych remanentów, w których dokładnie liczy się i wycenia aktywa i pasywa firmy. W księgach handlowych muszą znaleźć się wszystkie zdarzenia finansowe firmy, czyli zobowiązania zarówno po stronie spółki, jak i jej wierzycieli. Spis ten tworzony jest chronologicznie.W skład tzw. pełnej księgowości, wchodzą: prowadzenie dziennika, w którym zapisuje się wszystkie transakcje finansowe, konta księgi głównej – wpisuje się tam salda wszystkich aktywów i pasywów, oraz kolejne transakcje, uprzednio zapisane w dzienniku , konta ksiąg pomocniczych, zestawienie obrotów i sald zarówno z księgi głównej, jaki ksiąg pomocniczych, oraz wykaz aktywów i pasywów spółki.